Muito se discutiu e se tem discutido a respeito da natureza e da posição constitucional dos Tribunais de Contas, especialmente em razão do disposto no caput do artigo 71 da Constituição Federal, que refere o seguinte: "O controle externo, a cargo do Congresso Nacional, será exercido com o auxilio do Ilibunal de Contas da União, ao qual compete [..]". A partir do enunciado acima, alguns autores, de forma açodada, concluíram que o Tribunal de Contas está atrelado ao Poder Legislativo, é órgão auxiliar desse Poder, passando a ideia de se tratar de órgão subordinado.

Em verdade, o Tribunal de Contas constitui um tertiurn genus na organização política brasileira, dada a natureza das suas decisões que não se caracterizam como mero ato administrativo, mas que também fogem às características das decisões judiciais. Delas, pode-se dizer que possuem natureza judicialiforme.

A propósito, o Conselheiro-Substituto do TCE-RS (Tribunal de Contas do Estado do Rio Grande do Sul), Alexandre Mariotti, assinalou: "Por certo, essa singularidade muitas vezes não foi - e continua não sendo bem compreendida por doutrinadores que, ainda presos a urna concepção rígida e ultrapassada da separação dos poderes, procuram encaixar a martelo a instituição e suas funções em um dos clássicos três poderes preconizados em "Do espírito das leis" - obra publicada em 1748" (Parecer 25/2006 - Auditoria).

Para Odete Medauar, "confunde-se, desse modo, a função com a natureza do órgão. A Constituição Federal, em artigo algum, utiliza a expressão 'órgão auxiliar'; dispõe que o controle externo do Congresso Nacional será exercido com o auxilio do Tribunal de Contas".

O STF (Supremo Tribunal Federal) já se manifestou a respeito de sua posição institucional na Adin 849/MT no sentido da inconstitucionalidade de subtração da competência do julgamento das contas da Mesa de Assembleia Legislativa.

Nessa linha, tem-se ainda a recente decisão cautelar na Adin 4190-8/RJ, da lavra do ministro Celso de Mello, para quem os Tribunais de Contas são órgãos investidos de autonomia, inexistindo qualquer vínculo de subordinação institucional ao Poder Legislativo. A distinção feita pelo STF das competências estabelecidas nos incisos 1 e 11 do artigo 71, no mais, tornam clara a independência desse órgão em relação ao Parlamento, como se verifica na decisão cautelar na Adin-MC 3715: " [...] 5. Na segunda hipótese [do inciso II, do artigo 71 da CF/88], o exercício da competência de julgamento pelo Tribunal de Contas não fica subordinado ao crivo posterior do Poder Legislativo."

Para corroborar a independência dos Tribunais de Contas em relação aos demais poderes do Estado, bastaria a leitura dos artigos 44, 76 e 92 da Constituição de 1988, que informam os órgãos que compõe os Poderes Legislativo, Executivo e Judiciário. O Tribunal de Contas é instituição autônoma, com independência financeira e administrativa, não integrando nenhum dos poderes, uma vez que a todos fiscaliza na função administrativa, sendo indispensável que não esteja à mercê de qualquer pressão advinda daqueles sujeitos a sua fiscalização.